北京市社会保障信息系统基本医疗保险子系统（简称医保信息系统）是北京社会保障信息系统的重要组成部分，北京市信息系统建设的重点工程之一。整个项目以北京市信息化工作办公室为建设单位，以北京市劳动和社会保障局、北京市卫生局为主要用户单位，北京国研网信息有限公司为监理单位，以总体统筹负责制的模式由首都信息发展股份有限公司负责工程从系统总体方案设计、组织实施、业务设计、应用开发、硬件平台和网络建设，系统集成和部署到系统运营维护的全过程建设。工程总投资3亿多元，工程建设涉及到北京市三个委办局、24个医疗保险经办机构、上千家医保定点医院和几十家定点药店，地域跨越全北京市18个远近郊区县，是特大综合型信息化工程。

    医保信息系统由收缴子系统、审核结算子系统、财务子系统、市民卡医保应用子系统、定点医疗机构接口子系统等组成。依托医保信息系统，北京市已有470万参保人、5万多家用人单位的数据进入系统，实现了从用人单位参保、基金征缴、帐户分配到医院交易、费用分解、审核、结算、汇总、支付等各项医保业务的信息化处理。该系统从2003年8月正式上线，经过近1年半的运行，经过不断的优化、升级，已经成为开展北京市社会保险事务（五险合一）的重要基础设施，并被北京市财政局评为北京市重大信息化工程的优良工程。